Phòng sạch của Trung tâm kiểm nghiệm Bắc Kạn: 
- Diện tích: 80m². Bao gồm các phòng với các cấp độ sạch khác nhau:
+ Cấp độ sạch D: Gồm Phòng chuẩn bị môi trường, khu vực hấp, sấy dụng cụ, Phòng định lượng kháng sinh.
+ Cấp độ C: gồm Phòng thử giới hạn nhiễm khuẩn thuốc và mỹ phẩm, Phòng thử giới hạn nhiễm khuẩn thực phẩm
+ Cấp độ B: Phòng thử độ vô khuẩn
- Hệ thống phòng sạch được đầu tư đồng bộ, hiện đại đáp ứng các tiêu chuẩn nghiêm ngặt của WHO, giảm thiểu tối đa ô nhiễm bụi và kiểm soát các thông số môi trường khác như nhiệt độ, độ ẩm và áp suất….
- Có hệ thống cung cấp khí sạch, được chia thành các cấp độ sạch khác nhau đảm bảo vô trùng cho các thao tác thử nghiệm, tránh  nhiễm chéo giữa các khu vực thử nghiệm và nhiễm chéo lên mẫu.

 
Ứng dụng của phòng sạch:
+Thử nghiệm các phép thử vi sinh đối với thuốc, mỹ phẩm, thực phẩm..
+ Thử giới hạn nhiễm khuẩn, định danh vi khuẩn gây bệnh.
+ Định lượng kháng sinh bằng phương pháp vi sinh vật.
+ Thử vô khuẩn với các chế phẩm yêu cầu vô khuẩn như thuốc tiêm, thuốc tiêm truyền, thuốc nhỏ mắt…